Cuando generamos vistas donde se involucran mas de una clase, regularmente terminamos con una lista de los elementos de las tablas referenciadas, es decir un select con opciones. Para cambiar esto a multiples checkbox solo hace falta agregar un parametro a la función input
echo $form->input('id', array('type'=>'select', 'multiple'=>'checkbox'));
y eso es todo, en vez de tener la lista tendremos un checkbox por cada elemento.